يدور كباتن الزعتري حول قصة الصديقان محمود وفوزي، اللذين يعيشان في مخيم الزعتري للاجئين في الأردن ولديهما حلم كبير لاحتراف كرة القدم. على الرغم من ظروفهما الصعبة، وتواجدهما في مكان لا يوفر أي تسهيلات أو فرص للتدريب فإنهما يركزان كل طاقتهما على لعب كرة القدم يومياً. حتى تصل أكاديمية عالمية إلى المخيم لاختيار لاعبين لبطولة دولية، يصبح من الممكن أن يتحول حلمهما إلى حقيقة.